Ernst Bernhard nacque da genitori ebrei il 18 settembre 1896 a Berlino. Laureatosi in medicina, mostrò molto interesse per la psicanalisi, studiando con impegno l’analisi freudiana e junghiana. Infatti, dal 15 ottobre 1935 al 17 marzo 1936, lavorò con Carl Gustav Jung, del quale divenne un seguace radicalizzando le teorie junghiane. A seguito delle leggi razziali del 1936, per sfuggire alle persecuzioni naziste decise di trasferirsi in Inghilterra, ma Londra gli rifiutò l’ingresso perché pare suscitasse perplessità proprio la sua fede nelle discipline esoteriche.
Decise così di stabilirsi in Italia insieme alla moglie Dora, stabilendosi a Roma, dove strinse amicizia con gli psicanalisti più conosciuti della capitale, tra cui Edoardo Weiss. Arrestato nel giugno del ’40 per effetto delle leggi razziali e trattenuto per alcuni giorni nel carcere di Regina Coeli, fu internato a Ferramonti di Tarsia. Lasciò il campo l’11 aprile del 1941. Ernst Bernhard, dopo l’internamento, riprese la sua attività professionale a Roma.
Ed è da qui che si è diffusa in Italia la psicologia junghiana, grazie agli allievi che Bernahard ha formato tra i quali Aldo Carotenuto, Mario Trevi, Gianfranco Draghi, Silvia Montefoschi e Hélène Erba-Tissot. Nel 1961 fondò l’Associazione Italiana di Psicologia Analitica (AIPA). Molti personaggi di spicco della cultura italiana gravitarono intorno al gruppo di Bernhard, tra questi Federico Fellini, Natalia Ginzburg, Giorgio Manganelli, Cristina Campo ed altri.
Ernst Bernhard che amava definire il suo orientamento psicoanalitico con il termine di "psicologia del processo di individuazione", piuttosto che adottare la definizione dello stesso Jung di Psicologia Analitica, poco prima di morire, sentendo avvicinarsi il momento del "distacco" aveva scritto nella sua autobiografia ripensando alla mai dimenticata esperienza di sopravvissuto all'esperienza del lager:
« ...penso che mi peserà molto il non avere nessuno di cui prendermi cura e da far progredire. Ma a mio conforto mi viene in mente che là ci sarà pure un corpo di guardia nazista. Potrei prendermi cura di questo.»
Morì a Roma il 29 giugno 1965.